Sektor za intemu kontrolu vrši poslove koji se odnose na:
- zaprimanje i razmatranje prijava i predstavki građana na rad uposlenika Uprave;
- provjeravanje navoda iz prijava i predstavki i izvještavanje direktora Uprave o utvrđenom činjeničnom stanju;
- vršenje provjere blagovremenosti postupanja inspektora po podnesenim zahtjevima za vršenje inspekcijskog nadzora;
- sačinjavanje informacija o postupanju inspektora i ukazivanje na eventualne propuste u radu;
- blagovremeno izdavanje upravnih mjera i praćenje kontrole izvršenja mjera;
- blagovremeno pokretanje prekršajnog postupka;
- sačinjavanje informacija o postupanju inspektora i ukazivanje na eventualne propuste u radu;
- vršenje provjera i prikupljanje činjenica i dokaza kod nastupanja materijalne štete u vršenju državne službe od strane osoba koje nisu državni službenici, državnih službenika i namještenika, te izvještavanje direktora Uprave, o visini učinjene štete i okolnosti pod kojima je šteta učinjena, odnosno krivice uposlenika za učinjenu štetu; vršenje provjera i prikupljanje činjenica i dokaza po zahtjevu direktora Uprave u slučajevima kada postoje indicije ili saznanja o povredi službene dužnosti od strane osoba koje nisu državni službenici, državnog službenika ili namještenika. a prije eventualnog podnošenja disciplinske prijave od strane direktora Uprave;
- praćenje pravilnosti korištenja službenih vozila;
- praćenje poštivanja radnog vremena od strane uposlenika;
- kontrola pravilnosti izvještavanja sa službenih putovanja i realiziranja naloga za službena putovanja: praćenje primjene kancelarijskog poslovanja: izrada mjesečnih izvještaja po organizacijskim jedinicama i uposlenicima o utvrđenim nepravilnostima;
- praćenje ažurnosti vođenja evidencija o izvršenom inspekcijskom nadzoru;
- saradnja sa Uredom za borbu protiv korupcije i upravljanje kvalitetom Kanlona Sarajevo;
- priprema dokumenata i provođenje aktivnosti za borbu protiv korupcije u Upravi;
- obavljanje drugih poslova iz nadležnosti Sektora.